En 1808, Napoléon était décidé à en finir une fois pour toutes avec les Barbaresques et l'annexion de l'Afrique du Nord à l'Empire français formait un des articles du traité secret conclu avec la Russie. Le commandant du génie Boutin avait été envoyé au printemps de 1808 pour lever le plan d'Alger et ses environs. C'était une entreprise difficile et dangereuse. Boutin y réussit malgré tous les obstacles : « J'ai parcouru, écrivait-il au ministre de la Marine, ces parties de la ville où les chapeaux ne se montrent pas et tout autour d'Alger j'ai dépassé de trois ou quatre lieues les limites assignées aux Européens. »

Il séjourna du 24 mai au 17 juillet, mais on finit par trouver sa curiosité indiscrète et on le pria de partir. Il s'embarqua après avoir fait une abondante moisson de dessins, de croquis et de notes. Le brick qui le ramenait à Toulon fut capturé par une frégate anglaise ; fait prisonnier et conduit à Malte, il réussit à s'échapper déguisé en matelot, prit passage pour Constantinople et revint en France par terre. Il avait dû détruire ses croquis, mais avait conservé ses notes. Elles lui permirent de rédiger un rapport d'une exactitude remarquable, intitulé Reconnaissance générale des villes, forts et batteries d'Alger, pour servir au projet de descente et d'établissement définitif dans ce pays. Il donnait sur les moyens d'attaque et de défense de la ville de précieux renseignements, montrait l'inutilité d'une attaque du côté de la mer, signalait comme point de débarquement la baie de Sidi-Ferruch, déjà indiquée par de Kercy vingt-six ans auparavant.

Les documents recueillis par Boutin furent utilisés en 1830 et servirent à dresser les cartes qui accompagnèrent l'Aperçu de l'état d'Alger à l'usage de l'armée expéditionnaire.

La Régence fut sauvée une fois encore par les luttes entre les puissances européennes. Les guerres continentales et les événements qui se succédèrent de 1808 à 1814 firent oublier à Napoléon « Messieurs d'Alger » et permirent aux Barbaresques de se survivre quelques années encore.