Soult n'approuvait pas la liberté, trop grande selon lui, que l'ordonnance de 1838 laissait à l'autorité locale; il entendait la restreindre et s'efforçait constamment d'intervenir dans les affaires algériennes ; l'administration civile avait ses préférences, contrairement aux vues de Bugeaud. D'un compromis entre les deux tendances sortit l'ordonnance du 15 avril 1845. Plus développée que les précédentes, elle comprenait 126 articles. Elle maintenait au Roi le droit de légiférer seul pour l'Algérie, sur la proposition du ministre de la Guerre. Auprès du gouverneur général, elle rétablissait un haut fonctionnaire, successeur de l'intendant civil et intermédiaire entre le gouverneur et les chefs de service, qui prit le titre de directeur général des affaires civiles. Le Conseil de gouvernement, composé des chefs de service, qui, sous des noms divers, existait depuis 1830, prit le nom de Conseil supérieur d'administration de l'Algérie et fut réorganisé; la connaissance des conflits administratifs fut confiée à un Conseil de contentieux, analogue aux Conseils de préfecture de France. L'ordonnance consacrait la division de l'Algérie en trois provinces, qui existait en fait depuis la conquête. Chacune des provinces était subdivisée en territoires civils, territoires mixtes et territoires arabes, suivant le degré d'évolution qu'ils avaient atteint. Les territoires civils, dont le ministre se réservait la haute administration, échappaient complètement au gouverneur; dans la pensée des rédacteurs de l'ordonnance, ils devaient finir par absorber l'Algérie tout entière, mais ils étaient en fait très peu étendus; ils étaient administrés par des commissaires civils; on y appliquait l'administration, la justice et le droit français, sauf pour le statut personnel des indigènes, régi par la loi musulmane. Dans les territoires mixtes et dans les territoires arabes, les indigènes et les Européens étaient administrés par les autorités militaires.

La désignation du duc d'Aumale ramena la question, qui s'était déjà posée en 1834, de savoir si l'on créerait en Algérie une vice-royauté. Le gouvernement ne s'engagea pas dans cette voie. L'ordonnance du 1er septembre 1847 restreignit les pouvoirs du chef de la colonie plutôt qu'elle ne les augmenta.