Pour l'administration générale, la tendance dominante fut d'introduire en Algérie les règles de l'administration métropolitaine, comme en témoignent les arrêtés des 9 et 16 décembre 1848, pris par Cavaignac sur un rapport de La Moricière : " L'opinion publique, disait ce rapport, en France comme en Algérie, les sentiments plusieurs fois exprimés par l'Assemblée nationale ont démontré dans ces derniers temps qu'il était du devoir de l'administration d'introduire d'une manière plus complète le régime des institutions françaises en Algérie. Le moment paraît venu de réaliser le vœu si souvent manifesté d'une assimilation largement progressive. Ce progrès peut être accompli sans danger. "

Chaque province fut partagée en territoire civil ou indépendant et en territoire militaire. Les départements furent soumis au régime général de la métropole, sauf les exceptions résultant de la législation spéciale de l'Algérie; ils étaient administrés par des préfets, qui correspondaient directement avec les ministres, subdivisés en arrondissements et en communes, avec des sous-préfets, des maires et des conseils municipaux élus. Le gouverneur général, assisté d'un Conseil de gouvernement et d'un secrétaire général, restait investi de la haute administration de l'Algérie, mais n'administrait plus directement que les territoires militaires, par l'intermédiaire des généraux commandant les divisions; ces territoires étaient répartis en subdivisions et en cercles, ayant à leur tête des officiers; des arrêtés du pouvoir exécutif devaient désigner les localités et les circonscriptions territoriales qui seraient respectivement classées dans les départements et dans les territoires militaires, ces derniers devant se limiter graduellement aux seules portions de l'Algérie qui exigeraient une surveillance plus étroite et une autorité plus forte.