Consulté confidentiellement par Cavaignac sur le choix d'un gouverneur général, Bugeaud avait prononcé les noms de Charon, Pélissier, Saint-Arnaud, Mac-Mahon, Morris, Ladmirault, Camou. C'est le général Charon qui fut choisi. Né en 1794, Charon appartenait à l'arme du génie; entré à l'École Polytechnique en 1811, il avait assisté à la bataille de Waterloo; venu en Afrique comme capitaine en 1853, il y était resté quinze ans, jusqu'au moment où il avait été nommé directeur des affaires de l'Algérie au ministère de la Guerre, en juin 1848. " On ne pouvait, dit Bugeaud, choisir pour gouverneur général de l'Algérie un plus excellent homme que le général Charon, un plus grand travailleur, plus zélé pour ses devoirs. " - " C'est, écrivait le commandant Cassaigne, le plus honnête et le plus capable des administrateurs que nous ayons eus. De mœurs douces et conciliantes, il plaisait à tout le monde et convenait parfaitement aux circonstances que nous traversions. " C'était un chef aimable et bienveillant, consciencieux, actif, honnête.

Charon eut à lutter contre les bureaux du ministère de la Guerre, qui cherchaient à annihiler complètement le gouverneur général, non sans péril pour l'Algérie et pour la France. Saint-Arnaud, toujours caustique, et qui ne voyait pas le dessous des cartes, prétendait que Charon ne se mouchait pas sans une autorisation de Paris et qu'il passait sa capote avec ménagement, de peur de la mécontenter; il se plaignait que " l'Algérie fût à la remorque du dernier garçon de bureau de la rue Saint-Dominique ". Mais Charon ne s'en plaignait pas moins : " Les bureaux, écrivait-il au général Cavaignac, tendent à diminuer autant que possible l'action du gouverneur général et à le rendre étranger à tout, au lieu de le renforcer en lui donnant franchement l'action administrative qu'il doit avoir sur tout, afin de maintenir autant que possible l'unité dans la direction et dans l'impulsion.