Lavigerie estimait qu'il était possible d'amener les indigènes à se rapprocher de nous et à vivre avec nous en bonne intelligence. Il voyait dans l'islam le grand obstacle qui les sépare de nous, et pensait que, tout en respectant scrupuleusement leurs croyances, nous faisions fausse route en fortifiant cet obstacle. En sa qualité d'évêque, il estimait que la meilleure façon d'arriver à la francisation des indigènes, c'était leur conversion au christianisme; c'est sur ce point qu'il entra de suite en conflit avec le pouvoir civil.

Mais il était trop avisé pour ne pas connaître les inconvénients, les dangers des excès de zèle et de prosélytisme vis-à-vis des musulmans. Il interdisait à ses prêtres de baptiser les enfants sans le consentement de leurs parents, les adultes sans sa propre autorisation. Il leur prescrivait surtout de prêcher d'exemple, de montrer aux indigènes ce que sont les vertus chrétiennes et françaises, de soulager leurs misères physiques et morales.