Lorsque l'enquête prit fin, un Algérien dit au comte Le Hon : « C'est maintenant que votre tâche commence, vous allez devenir notre député. » Le président de la Commission d'enquête intervint en effet à maintes reprises en faveur de l'Algérie au Corps législatif. Dans la discussion du budget de l'Algérie en 1869, il demanda que tout le territoire auquel avait été appliqué le sénatus-consulte de 1863 fût déclaré territoire civil et que les conseils généraux fussent élus. Quelques semaines plus tard, dans les séances des 13 et 14 avril, il réclama la prédominance de l'élément civil en Algérie. Selon lui, le dépérissement des indigènes provenait du khammessat et de la propriété collective; la transformation des fellahs en petits propriétaires et l'extension de la colonisation européenne, telles étaient les deux ancres de salut. On avait décomposé la société indigène et on n'avait pas remplacé ce qu'on avait détruit. Il fallait nous assimiler les Arabes en commençant par les tribus les plus voisines du territoire civil, le contact des Européens et des indigènes étant le plus puissant moyen de civilisation.