Au point de vue financier, les recettes et les dépenses étaient divisées en deux parts : les dépenses et les recettes de l'État, les dépenses et les recettes du budget local. L'État conservait à sa charge les dépenses de gouvernement, de protection et de haute administration; les autres dépenses constituaient le budget local. C'était le budget spécial de l'Algérie, proposé par Randon dès 1854, par Pélissier dès 1861 et qui ne devait être réalisé qu'en 1900. La Commission attendait de cette réforme les plus heureux résultats : a On n'en est plus aujourd'hui, disait le rapporteur, à contester ce que renferme d'efficace et de vivifiant l'intervention sérieuse des intéressés dans la conduite de leurs propres affaires. Il n'appartient qu'à l'intérêt personnel, mis directement en jeu, d'inspirer à l'administration deux qualités également fécondes et qui se complètent l'une par l'autre, à savoir l'esprit d'économie et l'esprit d'initiative. Il n'est pas douteux que les besoins de l'Algérie soient mieux appréciés, plus largement et plus opportunément satisfaits par la libre volonté de ceux qui les ressentent que par un pouvoir éloigné aux yeux de qui, si bienveillant qu'on le suppose, ces besoins ne s'imposent jamais avec toute leur intensité et toute leur urgence. » La Commission ne concluait pas seulement à l'indépendance budgétaire de l'Algérie, mais à l'institution d'un Conseil supérieur de 33 membres, élus par les conseils généraux des départements civils et indigènes.