Une politique d'améliorations sociales n'implique nullement une politique de faiblesse, bien au contraire. L'administration pouvait se montrer d'autant plus rigoureuse vis-à-vis des chefs indigènes et des tribus complices des malfaiteurs qu'elle avait fait tout ce qui dépendait d'elle en faveur des musulmans. Dans les communes de plein exercice, on s'efforça, sans toucher aux attributions qui appartenaient à l'autorité municipale et que la loi seule eût pu lui enlever, d'assurer une surveillance plus active des populations en renforçant la police d'État et le personnel de la sûreté départementale. Des secrétaires généraux pour les affaires indigènes et la police générale furent créés dans chacune des préfectures de l'Algérie. M. Jonnart demanda et obtint le maintien des tribunaux répressifs créés en 1902 à la demande de M. Révoil et accepta seulement certaines modifications à leur fonctionnement, modifications qui furent effectuées par un décret du 9 août 1903. L'internement par mesure administrative ne fut appliqué qu'à titre tout à fait exceptionnel et entouré de nombreuses garanties, mais néanmoins maintenu. Il en fut de même des pouvoirs disciplinaires des administrateurs, de plus en plus réduits dans leur application; la loi du 23 décembre 1904 prorogea ces pouvoirs pour une nouvelle période de sept années, mais réduisit le nombre des infractions et en exempta certaines catégories d'indigènes. Enfin un décret du 24 septembre 1908 décida que les représentants des indigènes dans les conseils généraux seraient désormais élus comme les délégués financiers indigènes.

Cependant l'évolution libérale de la politique indigène ne s'arrêta pas là. Un fait capital se produisit en 1912 : l'institution du service militaire obligatoire pour les indigènes. Jusque-là, leur recrutement se faisait uniquement par engagements volontaires; ce recrutement avait été entravé par la loi du 11 juillet 1903, qui diminuait le taux des primes et des pensions de retraite.